Gute Frage, generell sollte man die Sachen ja so wieder einbauen, wie sie eingebaut waren.
Bei der Kette dürfte das aber nur eine untergeordnete Rolle spielen, da gibts kein hinten oder vorne. Außerdem hast du das bestimmt nicht markiert und nun eine 50/50 Chance es richtig oder falsch einzubauen.
Früher wurde auch schon mal geraten das abgenutzte Ritzel oder Kettenrad einfach umzudrehen und nochmals einige Kilometer damit zu fahren. Allerdings geht das konstruktionsbedingt auch nicht bei jedem Motorrad und sollte auch wirklich nur ein Notbehelf sein.
Ich sehe da keine großen Nachteile drin, wenn du die Kette anders montierst.