Die Motoren unterscheiden sich baulich nicht sonderlich, nur farblich.
Die Vergaser wurden über die Baujahre geändert.
Wenn du an den "neuen alten" Motor die Vergaser vom 2001er Model anbaust, gibt's da auch nichts zu bemängeln.
Sofern es sich um einen Serienmotor mit derselben eingetragenen Leistung handelt, muss man auch nichts eintragen lassen.
Eventuell macht der andere Gangsensor Probleme, muss man gucken.
http://forum.gs-500.de/showthread.php?t=10284
Naja, wenn der Tank so rostig ist, dass die braune Brühe in den Vergasern steht, dann würde ich damit nicht mehr fahren.