Mit iTunes könnte das gehen.
Das benutze ich eh zur Musikverwaltung.
Man muss nur aufpassen, dass man die Musik nicht "importiert", sondern "zur Bibliothek hinzufügt", sonst kopiert es die ganzen Songs in seine Ordnerstruktur. Mit iTunes kann man sich seine Bibliothek nach allen möglichen Sachen anzeigen lassen. Voraussetzung dafür sind allerdings brauchbare ID-Tags. Wenn alle Songs "Britney.mp3" heissen und kein ID-Tag haben oder nur "www.mp3.ru", dann bringt es nix
.
Man kann das mit dem in die eigene Ordnerstruktur kopieren auch in den Einstellungen deaktivieren.
Allerdings bin ich mir nicht sicher, ob man die Originaldateien auch direkt aus iTunes löschen kann, oder ob man sie nur aus der Bibliothek entfernt.
Wenn man sie importiert hat, ohne sie in die Unterordner kopieren zu lassen (dafür vorher in den Einstellungen deaktivieren), könnte das gehen.
Zumindest kann man aber sehen, was man so alles doppelt hat. Und Sortieren kann man es nach tausenden Sachen.
iTunes für Windows und OS X gibt´s hier:
http://www.apple.com/de/itunes/download/