Hast du mal versucht, eine andere Batterie einzubauen?
Bestenfalls ist es nur ein kontaktproblem oder Zellenschluss.
Die Lichtmaschine sitzt unter dem linken Motordeckel.
hier ist eine Anleitung zur Überprüfung des Ladesystems:
viewtopic.php?f=76&t=23465
Der Laderegler sitzt unter der rechten Seitenverkleidung und sieht so aus:
http://alpha-sports.com/spst/1998%20GS500E/18.gif(#
Du solltest zuerst die Batterie checken (Säurestand OK, die Platten nicht pelzig(sulfatiert)).
Dann auf jeden Fall LiMa UND Regler checken! (auch wenn man glaubt, das Problem in einem der Bauteile schon entdeckt zu haben)
Die oben verlinkte Anleitung ist ziemlich gut, das solltest du mit einem Multimeter, Ruhe und Sorgfalt hinbekommen
Viel Erfolg!