Zwischen dem Stecker und dem -Pol liegt eine Spannung an, sobald
irgendein Stromkreis geschlossen ist, das hast du ja schon festgestellt.
Das ist die Rückleitung zur Batterie, eben das Massekabel. Sozusagen das andere Ende des Pluskabels, welches nach den Verbrauchern kommt. Das muss so sein. (Eventuell bist du da einem Denkfehler unterlegen? Kommt vor.)
Dürfte dann aber zum +Pol keine Spannung haben, auch wenn ein Stromkreis geschlossen ist.
Kann auch sein, dass das Zündschloss oder der Lenkerschalter eine Macke hat, Kabelbruch, Kabelschuh ausgeleiert ...
Manchmal sucht man einfach nur an der falschen Stelle.
Was machen die Werte des Regler/Gleichrichters? Nochmal gemessen?
Die sollen auch zwischen den gelben Kabeln untereinander unendlich hoch sein. Nur zwischen den gelben Kabeln und Rot bzw. schwarz/weiß sollens 6 Ohm und zwischen rot und schwarz/weiß 40 Ohm sein. Dazu muss man beide Stecker trennen und die gelben gegeneinander und zu rot bzw. schwarz/weiß messen, vorher aber die Batterie abklemmen. Ich hab mal den Messshunt in meinem Messgerät hellglühend gehabt

, also aufpassen und vorher überlegen, was man macht.
Hast du mal geguckt, was passiert, wenn du den Regler/Gleichrichter-Stecker (rot-schwarz/weiß) trennst, funktioniert dann die Bordelektrik?
Wenn sich nichts ändert, liegt es aller Wahrscheinlichkeit nach nicht am Regler-Gleichrichter, insbesondere wenn die Werte dann noch stimmen.
Was sagt eigentlich die Batterie? Die sollte eine Leerlaufspannung von mindestens 12,4 - 12,5 V haben.
Wo waren übrigens die Heizgriffe angeschlossen? Kann da der Fehler liegen?