Ich vermute Wasser oder sonstigen Schmutz im Vergaser. Lass mal die Schwimmerkammern ab. Da sind kleine Ablassschrauben und ein kleiner Schlauchstutzen an den Schwimmerkammern. Möglicherweise siehst du dabei ob Wasser oder Dreck mit raus kommt. Das auslaufende Benzin natürlich in einem geeigneten Behälter (sauberes Marmeladenglas o.ä.) auffangen und entsorgen. Dabei kannst du auch gucken ob beide Vergaser Benzin erhalten. Einfach mal auf PRI stellen, dann sollte das Benzin bei beiden Vergasern kontinuierlich über die Abläufe auslaufen.
Die Drosseldinger heißen Drosselblenden. Die Drosselklappen verändern den Luftdurchfluss je nach Gasgriffstellung. Das sind die Dinger im Vergaser, die mit dem Gaszug verbunden sind.
Dein Plan hört sich nicht schlecht an, so sollte man vorgehen.
Bei Vergaserproblemen bei der GS kommt es nicht selten vor, dass nur ein Zylinder läuft. Sind halt zwei getrennte Vergaser. Wenn einer geht und der andere nicht, läuft auch nur ein Zylinder.
An den Zündkerzen wirst du nicht sehr viel sehen. Die zeigen dir nur eine Tendenz an. Aber schaden tut es auch nicht.
Kann auch sein, dass sich das Problem von alleine erledigt hat. Wenn es einfach nur etwas Wasser oder feiner Schmutz/Ablagerungen war, könnte das bereits wieder durch die Vergaser verschwunden sein.
Die Reaktion auf den Choke ist eigentlich normal. Der Choke fettet das Gemisch an, gleichzeitig werden die Drosselklappen etwas angehoben damit der Motor höher dreht. Nimmt man den Choke bei warmem Motor schlagartig heraus, ist das Gemisch noch überfettet aber die Drosselklappen geschlossen. Da kann der Motor schon mal ausgehen.
Wenn man die Vergaser nicht voneinander trennt (also von der Vergaserbrücke abbaut) oder die Synchronschraube verstellt, braucht man normalerweise auch nicht synchronisieren. Der Motor sollte danach laufen. Das Synchronisieren ist zwar sinnvoll, wird aber manchmal auch überbewertet. Außerdem wirkt sich das nur bei niedrigen Drehzahlen (< 3000 U/min) aus. Ist also eher etwas für einen runden Leerlauf und guten Übergang vom Leerlauf zum Teillastbereich.
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Man sollte es so oder so nicht übertreiben. 
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