Auspuffknallen kommt sehr oft von einem zu stark abmagernden Gemisch. Der Zylinder hat zu wenig zum Zünden und lässt das unverbrannte Gemisch in den Auspuff. Bei der nächsten Zündung zündets dann auch im Auspuff und es pufft.
Kann man bei vielen Bikes gut im Schiebebetrieb beobachten - da brodelts und knallts im Auspuff oft recht ordentlich.
Bei deiner GS halte ich es nach wie vor für ein Thema der Spritversorgung der Zylinder.
Es gibt schon ein el. Problem, welches ähnlich Symptome (knallen, keine Leistung, keine hohen Drehzahlen) zeigt: Ein sterbendes Ladesystem, welche die CDI beeinflusst. Davon gehe ich aber nach deiner langen Beschreibung der Vergaserproblematik nicht aus, obwohl man nie was ausschließen kann. Du kannst ja zur Sicherheit das Ladesystem messen (
http://forum.gs-500.de/showthread.php?t=10610 ).