Du hast beim Entdrosseln die Hälfte Vergessen.
Ist nicht zwingend die Hauptursache für die Probleme jetzt, aber vernünftig machen musst du das schon.
http://forum.gs-500.de/showthread.php?t=10261
Du brauchst neben dem Luftfilter mit Röhrchen, Gasschiebern ohne Ausgleichsbohrung auch andere Hauptdüsen (115er) und musst die Düsennadelclips auf die mittlere Kerbe hängen.
Wenn du das gemacht hast und die Kiste im Stand läuft, besprühst du Ansaugstutzen (vor allem motorseitig) und Vergaser kräftig mit zB Bremsenreiniger.
Ändert sich die Drehzahl, zieht es dort Falschluft.
Das musst du abstellen, sonst läuft die Kiste wie ein Sack Nüsse.
Hast du auf den Verbleib der kleinen O-Ringe unter den Synchronanschlüssen der Vergaserdeckel geachtet?
Wenn dann die korrekte Hardware verbaut ist, kannst du das Leerlaufgemisch nach Gehör sehr gut einstellen.
Das wird der GS dann das letzte Ruckeln beim Gasgeben austreiben.
http://forum.gs-500.de/showthread.php?t=33313
Die Entdrosselung musst du abnehmen und eintragen lassen. Aber das sollte klar sein.